Video: Što je BAM indeksna datoteka?
2024 Autor: Lynn Donovan | [email protected]. Zadnja promjena: 2023-12-15 23:47
A BAM datoteka (. bam ) je binarna verzija SAM-a datoteka . SAM datoteka (. sam) je tekst razdvojen tabulatorima datoteka koji sadrži podatke o poravnanju slijeda. Indeksiranje : IGV zahtijeva da i SAM i BAM datoteke biti razvrstani po položaju i indeksirano , te da je indeksne datoteke slijediti određenu konvenciju imenovanja.
Isto tako, ljudi pitaju, kako da otvorim BAM datoteku?
Od Datoteka izbornik odaberite Otvorena i odaberite BAM datoteke s lijeve strane. Odaberite gumb s desne strane koji kaže Dodaj a BAM datoteka . Dođite do BAM Test Datoteke mapu koju ste preuzeli odaberite with_index_with_graph. Klik Otvorena , odaberite mapt.
Drugo, kako da pretvorim BAM datoteku u Fastq? U nastavku su koraci za pretvaranje BAM datoteke u FASTQ format. Ovo će raditi na Linuxu i zahtijevat će SAMTOOLS i BEDTOOLS
- Preuzmite SAMTOLS.
- Ekstrahirajte pomoću naredbe tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Stvorit će mapu pod nazivom samtools-version.
- Pomaknite se u direktorij cd samtools-version.
Isto tako, kako da pretvorim BAM datoteku u SAM datoteku?
Do pretvoriti SAM do BAM , koristimo naredbu pogleda samtools. Moramo navesti da je naš unos in SAM format (prema zadanim postavkama očekuje BAM ) pomoću opcije -S. Također moramo reći da želimo da rezultat bude BAM (prema zadanim postavkama proizvodi BAM ) s opcijom -b.
Što radi Samtools view?
Samtools je skup uslužnih programa koji manipuliraju poravnanjima u BAM formatu. Uvozi i izvozi u SAM (Sequence Alignment/Map) format, čini sortiranje, spajanje i indeksiranje, te omogućuje brzo dohvaćanje čitanja u svim regijama. Samtools dizajniran je za rad na potoku.
Preporučeni:
Je li TIFF datoteka vektorska datoteka?
TIF – (ili TIFF) označava format datoteke s oznakama i velika je rasterska datoteka. TIF datoteka se prvenstveno koristi za slike u ispisu jer datoteka ne gubi informacije ili kvalitetu kao što to čini JPEG. To je vektorska datoteka koja može sadržavati tekst kao i grafiku i ilustracije
Koja je razlika između programskih datoteka i programskih datoteka 86x?
Uobičajena mapa Program Files sadrži 64-bitne aplikacije, dok se 'Program Files (x86)' koristi za 32-bitne aplikacije. Instaliranje 32-bitne aplikacije na PC sa 64-bitnim sustavom Windows automatski se preusmjerava na Programske datoteke (x86). Pogledajte Programske datoteke i x86
Što je datoteka i organizacija datoteka?
Organizacija datoteka odnosi se na logičke odnose između različitih zapisa koji čine datoteku, posebno u pogledu načina identifikacije i pristupa bilo kojem određenom zapisu. Jednostavno rečeno, pohranjivanje datoteka određenim redoslijedom naziva se organizacija datoteka
Što je transakcijska datoteka i glavna datoteka?
Definicija: transakcijska datoteka. transakcijska datoteka. Zbirka zapisa transakcija. Datoteke podataka u transakcijama koriste se za ažuriranje glavnih datoteka koje sadrže podatke o subjektima organizacije (kupci, zaposlenici, dobavljači itd.)
Što su potpisi datoteka ili zaglavlja datoteka koji se koriste u digitalnoj forenzici?
Vrste datoteka Potpis datoteke je jedinstveni niz identifikacijskih bajtova upisanih u zaglavlje datoteke. Na sustavu Windows, potpis datoteke se obično nalazi unutar prvih 20 bajtova datoteke. Različite vrste datoteka imaju različite potpise datoteka; na primjer, Windows Bitmap slikovna datoteka (